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放送 2004年
話数 全26話
制作会社 XEBEC
声優 真壁 一騎:石井真/皆城 総士:喜安浩平/遠見 真矢:松本まりか/羽佐間 翔子:松来未祐/春日井 甲洋:入野自由/狩谷 由紀恵:沢海陽子/要 咲良:新井里美/近藤 剣司:白石稔/小楯 衛 :斎賀みつき
シリーズ/関連作品 蒼穹のファフナーRIGHT OF LEFT
蒼穹のファフナーEXODUS
蒼穹のファフナーTHE BEYOND(OVA)
蒼穹のファフナーHEAVEN AND EARTH(劇場版)
公式サイト Wikipedia

日本の片隅に浮かぶ竜宮島に、ある日突然、不思議な声が響き渡った。「あなたはそこにいますか…」そしてその瞬間、謎の敵によって竜宮島は襲撃される。島に暮らす少年・真壁一騎は、切り札として用意された兵器・ファフナーに乗り込み、戦うことを決意するのだった。

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第1話【楽園~はじまり~】

竜宮島で、真壁一騎や皆城総士は平和な日々を過ごしてきた。ある日、謎の敵フェストゥムが襲来。フェストゥムによって破壊されていく竜宮島を前に、アルヴィス司令官・皆城公蔵は…!!

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第2話【告知~いのち~】

初めての実戦。多大の犠牲を払いつつも勝利した一騎は、戦闘後アルヴィスのメディカルルームへ運ばれる。総士は、一騎に、現実の世界の有様を伝え、これから一緒に戦うことを約束するのだった。

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第3話【迷宮~しんじつ~】

司令官となった史彦は、新たなファフナー・パイロット候補として、咲良、甲洋、剣司、衛、翔子、真矢をアルヴィスに配属する。一方、一騎はアルヴィス内で不思議な少女に出会った…

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第4話【逃航~ふなで~】

人類軍偵察機を囮にして、竜宮島は移動作戦を開始。一騎は作戦の援護のためにマークエルフで飛び立つ。フェストゥム・スフィンクス型に手を出すなと忠告する総士だが…

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第5話【約束~ちかい~】

一騎の行動は、結果的に新国連に竜宮島の存在を知らせることになってしまった。新国連のギャロップ事務総長は島の破壊をにおわせ、史彦にファフナーの引渡しを要求する。

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第6話【翔空~ぎせい~】

マークエルフが新国連の船団を襲ったスフィンクス型の迎撃に向かった隙に、突如もう一体のスフィンクスB型に襲われた竜宮島。捨て身の決意でスフィンクスB型の前に立ちはだかるが。

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第7話【家賊~おやこ~】

マークゼクスを失わせた翔子に対する島民の反応は冷酷だった。そんな中、マークドライとマークフィアーの適合者として、咲良と甲洋が選ばれる。マークエルフ相手の模擬戦闘に挑むふたりだが…!?

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第8話【確執~こうよう~】

狩谷の指揮の下、一騎や甲洋、歴戦の特殊部隊員・溝口たちが探索に向う。その影で、狩谷たちは地下施設の中枢部から島のデータを持ち帰ろうとしていた。

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第9話【同化~わかれ~】

溝口と真矢を助けようとしたマークフィアーは、海中に出現したフェストゥムに捕まってしまう。そこに救援にやってきたマークドライが、マークフィアーのコクピットの回収に成功するが…!?

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第10話【分離~すれちがい~】

ファフナーと仲間のどちらが大切なのか。竜宮島の未来を担う総士の答えは明確だったが、戦いの中で自分の居場所を見失いかけていた一騎は、総士の答えの中にそれを見出そうとしていた。

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第11話【旧新~じんるいぐん~】

リンドブルムに搭乗した由紀恵とともに、一騎はマークエルフで竜宮島を去った。総士は、一騎が自分を見捨てたのだと決めつけ、咲良は一騎の行為を裏切りだと切り捨てる。

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第12話【不在~あせり~】

フェストゥムの新たな襲撃に備えるため、アルヴィスは剣司と衛をパイロットとして投入することを決定。そして、一騎不在の中、竜宮島をフェストゥムが襲撃し、咲良たちが出撃するのだが…!?

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第13話【侵蝕~フェストゥム~】

由紀恵からファフナーの戦闘記録を入手した人類軍は、ファフナーを新たな人類の武器として全世界に宣伝した。一方、一騎はモルドヴァで日野道生の父、洋治に会う。

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第14話【覚醒~せんりょう~】

真矢は溝口と共に人類軍モルドヴァ基地へ向かった。直後、竜宮島に人類軍占領部隊が到着。人類軍の軍服に身を包んだ由紀恵はワルキューレの岩戸へ急行するが、そこにコアはいなくなっていた。

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第15話【記憶~さけび~】

ミョルニアは、マークザインを一騎に届ける。母そっくりなミョルニアを見て一騎は衝撃を受ける。その直後、目の前でミョルニアがイドゥンに飲み込まれる光景を見た一騎は…!?

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第16話【朋友~おかえり~】

竜宮島では、人類軍占領部隊が島を掌握していた。そこへ、フェストゥム・プレアデス型が襲来する。総士たちはファフナーを取り戻す。出撃する咲良たちだが、強力な敵に歯が立たない。

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第17話【生存~しかけ~】

アルヴィスは、島を取り戻した。総士は真矢に説得され、一騎と話をしようとする。その頃、余命3ヵ月と宣告された乙姫は、人間として生きることを選んだ自分の選択だと答えるのだった。

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第18話【父親~おもいで~】

カノンたちは竜宮島の住人として生きる道を選んだ。乙姫も、島で新たな生活を始める。一方、千鶴は真矢の高い適性が示されたデータを発見する。弓子が真矢のデータを改ざんしていたのだった。

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第19話【真矢~まなざし~】

真矢がマークジーベンのパイロットとして、戦列に加わることに。彼女の身を案じて後方支援に就かせた総士だが、真矢は溝口が舌を巻くほどの、狙撃手としての才能を見せる。

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第20話【燈火~ともしび~】

コアギュラ型の目的が甲洋と知った史彦は、甲洋の生体機能停止を決定。そんな中、カプセル内で目覚めた甲洋がアルヴィスを抜け出してしまう。大人たちは甲洋を排除しようとするが…

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第21話【咲良~みらい~】

ミツヒロの警告通りフェストゥムの来襲は活発になり、出撃回数は増えてゆく。そんな中、剣司に告白めいた言葉を告げられ、ときめきを覚える咲良だったが…!?

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第22話【守護~ちから~】

乙姫は史彦に、フェストゥムが生死を通して人間の悲しみを理解しようとしているのだ、と説明する。そんな中、新型種のフェストゥム・スカラベ型が、竜宮島に襲撃してくる。

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第23話【劫掠~おとり~】

フェストゥムが基地に張り巡らせた触根。捕らえられたジークフリード・システムを助けるため、一騎はファフナーとの同化を促進する薬剤を投与する。だがそのとき、イドゥンが竜宮島を襲った。

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第24話【対話~ミール~】

一騎の目前で、総士はジークフリード・システムと共に消滅した。史彦はついに人類軍の立案した最終決戦に参加を決める。そんな中、竜宮島に飛来した赤いフェストゥムが史彦に通信を試みる。

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第25話【決戦~きょうせい~】

人類最後の決戦・ヘブンズドアに参加するため、一騎たちは北極へ向かった。しかし一騎たちの目的は、総士を奪還して全員で生還すること。ミールに対して激闘を繰り広げる一騎たち。

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第26話(最終話)【蒼穹~そら~】

初めての痛みに襲われるイドゥンは恐怖におびえ戦線を離脱する。合流してミョルニアのコアにたどり着いた一騎たちは、捕らわれた総士を発見、奪還に成功する。

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